Essa confusão acontece porque em parte elas buscam a mesma coisa, como o sentido da vida, o valor da ética, padrões morais e mesmo verdades absolutas. Além disso são duas disciplinas abstratas, cujo objeto de estudo não pode ser colocado em um microscópio e nem visto por um telescópio.
Para muitos teólogos e para algumas denominações, a filosofia é uma ótima introdução para a teologia, porém sempre existiu e deve existir o medo da influência que a mesma pode trazer para dentro da teologia e acabar arruinando o objeto de estudo. Muitos teólogos com uma cosmovisão materialista não conseguem aceitar fatos bíblicos como abertura do Mar-Vermelho ou mesmo na ressurreição de Cristo, como foi o caso de Rudolf Bultmann. Isso leva hoje a encontramos diversas posturas entre os teólogos em relação a filosofia.
A maior semelhança entre as duas disciplinas é que elas buscam a verdade. No caso da Bíblia usando a revelação dada por parte de Deus e a filosofia usando a razão. Se a Teologia e a Filosofia chegarem ao final em uma verdade absoluta, como almejam, terão chegado ao mesmo ponto, afinal, não pode haver duas verdades que se contradigam.
Hoje o melhor uso da filosofia na teologia é saber escalonar a sua importância, ou seja, até onde a filosofia pode ir dentro da teologia. Será que uma idéia filosófica que contradiga a revelação deveria ser aceita e a teologia se adaptar a essa idéia? Obviamente que não. Por isso o teólogo ou mesmo o simples estudante da Bíblia que usa a filosofia, deve lembrar que ela é uma ferramenta, entre as muitas outras, que a teologia dispõe para usar.
Por isso devemos sempre orar a Deus pela sua sabedoria e a iluminação do Espírito Santo ao estudarmos as sagradas palavras contidas na Bíblia, pois deveríamos nos esvaziar de nossas idéias e preconceitos para absorvermos melhor os tesouros do Reino de Deus.